L'archipel est peut-être découvert en 1512 par Pedro de Mascarenhas qui en prend possession au nom du Portugal. D'abord appelé Ilha de Dom Garcia, Diego Garcia apparait avec l'orthographe actuelle sur une carte datant de 1559.

L'archipel est alors revendiqué alternativement par la France et le Royaume-Uni :

•    France : le 23 septembre 1721 lorsqu'il est intégré à la colonie française de l'île de France, actuelle île Maurice,
•    Royaume-Uni : en janvier 1745 avec le premier débarquement britannique,
•    France : en 1768 lorsque le capitaine français Nicolas Thomas Marion-Dufresne y met pied à terre, en 1785 avec le début de la colonisation française,
•    Royaume-Uni : le 27 avril 1786 lorsque le Royaume-Uni réclame l'archipel,
•    France : en 1786 avec l'annexion officielle par la France
•    Royaume-Uni : et le 17 mai 1810 lorsqu'il est intégré à la colonie britannique des Seychelles.

Finalement, les Britanniques en prennent formellement possession avec le traité de Paris du 30 mai 1814 à l'issue des guerres napoléoniennes. L'archipel est alors intégré à la colonie des Seychelles sous le nom d'Oil Islands puis passe dans le cadre de la colonie de Maurice le 31 août 1903. L'intérêt économique de l'archipel se résume alors au coprah extrait des cocoteraies où travaillent des esclaves amenés sur les îles par les Français. Des scientifiques s'intéressent aussi à l'archipel, si bien que Charles Darwin s'appuiera sur certains de leurs travaux sur les coraux pour élaborer sa théorie de l'évolution des espèces à la fin du XIXe siècle.

À l'occasion de l'indépendance de la colonie britannique de Maurice, l'archipel des Chagos en est détaché le 8 novembre 1965 pour constituer le territoire britannique de l'océan Indien, un territoire britannique d'outre-mer. Cette scission de territoire fait suite à un accord du conseil des ministres de l'île Maurice qui reçoit d'importantes subventions en dédommagement.

Entre le 17 juillet 1966 et 1973, les Chagossiens, environ 2 000 personnes, sont intégralement déportés vers l'île Maurice et les Seychelles, par la force ou la ruse. Dans le cadre de ce déplacement de populations, le gouvernement britannique crée un fonds, suite à des négociations menées entre 1971 et 1982, afin de les aider financièrement à s'installer dans leurs nouveaux pays. Cette déportation est motivée par la construction d'une base militaire britannique et ouverte aux Américains. Autorisée le 30 décembre 1966, la base est ouverte le 1er octobre 1977 après le rachat de toutes les terres le 3 avril 1967.

En 1975, Il apparaît alors que c'était une demande des autorités américaines de pouvoir disposer d'îles inhabitées...
Toutefois, Maurice réclame toujours la souveraineté de l'archipel.

C'est dans ce contexte que les Chagossiens se lancent à partir de 1998 dans une série de recours en justice à l'encontre du gouvernement britannique. Leurs revendications portent sur un meilleur dédommagement de leur expulsion, le droit de pouvoir retourner vivre dans l'archipel et l'obtention de la nationalité britannique lors d'une demande formulée en 2001.
Quelques Chagossiens ont la possibilité de retourner en visite dans l'archipel en avril 2006. Finalement, les Chagossiens sont déboutés le 22 octobre 2008 lorsque la Chambre des Lords britannique entérine la situation et ne laisse aucune possibilité de retour pour les Chagossiens.

À l'origine, l'archipel des Chagos est peuplé de Chagossiens, un peuple cultivateur issu du métissage de populations africaines et indiennes. Ces populations y sont amenées par la France, puissance coloniale de l'époque, au cours du XIXe siècle pour y servir de main-d'œuvre.
Depuis le départ des derniers Chagossiens, les seuls occupants de l'archipel se trouvent sur Diego Garcia. Ce sont des militaires britanniques et américains ainsi que des employés britanniques, américains, mauriciens et philippins dont l'effectif s'élevait à environ 4 000 personnes en novembre 2004.

Les installations de la base militaire britannique située sur Diego Garcia sont louées à l'armée américaine dans le cadre d'un bail se terminant en 2016. Toutefois, la défense et la sécurité intérieure du territoire sont assurées par la Royal Overseas Police Officers.

Et après 2016 ?

L'archipel des Chagos abrite le plus grand atoll au monde dont le récif corallien est en totalité sain. Celui-ci est constitué de 220 espèces de corail qui constituent un refuge et une source de nourriture pour plus de 1 000 espèces de poissons. Pour ces raisons et depuis le 1er avril 2010, l'intégralité de l'archipel des Chagos est classé en réserve naturelle et quelques îles sont classées en réserve naturelle stricte ce qui interdit formellement leur accès et leur approche sans autorisation.

Ah bon, une base navale militaire dans une réserve naturelle ?